残業代の計算でよくあるミスとは？正しく計算するためのポイントを解説

給与計算業務のうち残業代の計算は、企業の実務においてミスが起こりやすい業務の一つです。その理由は、複雑な労働法のルールに加え、正しい基礎賃金の算出や適正な時間外労働時間の把握など、複数の要素が関係するからです。

さらに、計算ミスは従業員との信頼関係に影響するだけでなく、企業の法的リスクにも直結するため、正確な処理が求められます。

本記事では、残業代の計算でよくあるミスの原因と、正しく計算するための実務ポイントをわかりやすく解説します。

残業代の計算はなぜ間違えやすいのか

実務担当者がどれだけ気を付けても、単なる計算ミスをなくすだけでは正確な残業代の計算はできません。

計算ミスが起こりやすい背景には、以下の3つの原因が同時に存在することが挙げられます。

計算の仕組みや法律の理解が複雑で難しい

残業代の計算は、単純に残業時間に時給をかけて計算されるわけではありません。

労働基準法に基づくルールを理解したうえで、計算の仕組みを正しく実行する必要があるのです。

厚生労働省が公表している「賃金不払が疑われる事業場に対する監督指導結果（令和6年）」でも、「割増賃金の基礎として算入すべき手当等を除外していた」「1週間について40時間を超える時間外労働に対する割増賃金が支払われていなかった」など、制度の理解不足を原因とする未払いの事例があげられています。

正確に労働時間や時間外労働時間を把握することが難しい

実は、そもそも労働時間・時間外労働時間が正確に把握されていないケースが多いです。

「労働時間の適正な把握のために使用者が講ずべき措置に関するガイドライン」では、タイムカードやパソコンの利用記録など客観的な方法により、労働者の労働日ごとの始業・終業時刻を確認・記録することが使用者に求められています。

しかし中小企業では、勤怠管理システムを使わずに紙やExcelでの集計を続けているケースも少なくありません。

厚生労働省が公表する「長時間労働が疑われる事業場に対する令和6年度の監督指導結果」でも、監督指導が行われた企業の約15%が「労働時間の把握が不適正」として指導を受けています。

労働時間の集計ミスが、誤った残業代の支払いにつながっている実態がわかります。

担当者判断に依存しやすい

給与計算が特定の担当者に任せきりになっている場合、担当者個人の裁量や判断に依存しやすくなります。

その結果、法改正や社内規定の変更があっても古い計算方法や担当者の思い込みによる独自ルールがそのまま使われ続けるリスクが生じるのです。

第三者の目が入らない環境では、残業代が正しく計算されているかの確認も難しくなるでしょう。

残業代の定義とルール

ここで、残業代についての基本事項を確認しておきます。

残業の定義

「残業代」の計算をするにあたって、一般的に考えられている「残業」と法律上割増賃金が求められる「残業」が異なる場合があることを理解しておく必要があります。「残業」というと、就業規則で定められた「所定労働時間」を超える時間のことを指すと考える人が多いでしょう。

一方、労働基準法において、労働時間の上限は「1日8時間、1週40時間」と定められており、この時間を法定労働時間と呼びます。企業にはこの法定労働時間を超えた分の労働時間数について割増賃金を支払う義務があります。（労働基準法第37条）

本記事では以降、この割増賃金の対象となる法定労働時間を超えた労働時間を「時間外労働」として解説します。

なお、企業が従業員に時間外労働をさせるには、あらかじめ「時間外労働および休日労働に関する協定（36協定）」を締結し、労働基準監督署に届け出なければいけません。

残業代の種類

企業は、従業員に時間外労働や休日労働（法定休日に労働すること）をさせる場合には、割増賃金を支払う義務があります。

割増賃金は、「時間外労働」「休日労働」「深夜労働」の種類に応じて以下の割増率により計算される仕組みです。

※1： 25％を超える率とするよう努めることが必要です。
※2：中小企業にも2023年4月から適用されています。
出典：しっかりマスター労働基準法「割増賃金編」｜東京労働局

残業代の基本計算式

残業代の計算に使用される基本の計算式は以下のとおりです。

1時間当たりの基礎賃金×割増率×割増賃金の対象時間

実際の残業代の計算方法は、給与体系や就業形態によって異なります。ケース別の計算方法やポイントについては、下記の記事で詳しく解説していますので、ご確認ください。

関連記事：【完全ガイド】残業手当とは？時間外手当との違い・計算方法まで徹底解説

【要注意】残業代の計算でよくあるミス

残業代計算でミスをした場合、割増賃金の未払いリスクが発生します。ここでは残業代計算で発生しがちな「よくある間違い」を見ていきましょう。

基礎賃金に含める手当を誤っている

残業代の計算に使用する「1時間あたりの賃金」を基礎賃金と言います。

基礎賃金を算定する際、対象を「基本給のみとする」など、会社が独自にルールを設けることは認められていません。労働基準法により計算から除外できる賃金は以下の7種類のみと決まっており、その他の基本給や手当はすべて算定に含める必要があります。

ただし、上記に当てはまる場合でも、手当の名称だけで形式的に判断してしまうとミスにつながります。

以下のように一律に支給されるものは、計算から除外することができません。

• 扶養家族の有無や家族の人数に関係なく一律に支払われる家族手当
  （例）扶養家族の人数に関係なく、1か⽉1万5千円を⽀給する場合
• 通勤に要した費用や通勤距離にかかわらず支払われる通勤手当
  （例）実際の通勤距離にかかわらず1日300円を⽀給する場合
• 住宅の形態ごとに一律に定額で支給する住宅手当
  （例）賃貸住宅居住者には2万円、持家居住者には1万円を⽀給する場合

出典：確かめよう労働条件｜厚生労働省

基本的に、労働の対価として「全従業員に一律で同額」を支給している賃金は算定に含め、家族数に比例して支給される家族手当や交通費や距離などに比例して支給される通勤手当など実態にもとづいて支給されるものは除外できます。

本来含めるべき手当を除外してしまうと、1時間あたりの基礎賃金が低く算出され、結果的に残業代の未払いが発生してしまいます。

手当の除外は名前でなく「実態」で判断しましょう。

月間の所定労働時間が間違っている

残業代の計算は、「1時間あたりの賃金」と時間外、休日、深夜に労働した時間数をかけて算出されます。月給制における1時間あたりの賃金の求め方について、労働基準法施行規則で以下のとおり明記されています。

月によって定められた賃金については、その金額を月の所定労働時間数 （月によって所定労働時間数が異なる場合には、1年間での1か月平均所定労働時間数）で割った金額 労働基準法施行規則　第19条第4項を一部編集

これを計算式にすると以下のようになります。

1時間あたりの賃金額＝月給÷1年間における1か月平均所定労働時間

しかし、「1か月の平均所定労働時間」を正しく把握できていない会社も少なくありません。正しい計算の手順は以下のようになります。

つまり、就業規則や賃金規程などで年間の所定休日が明確に定められているかどうかが、適正な賃金額を算出するカギとなるのです。

また、働き方改革などで年間の所定休日日数を増やしたにもかかわらず、変更前のまま算出を続けてしまうケースも散見されます。

休日の日数が増えれば、1か月あたりの所定労働時間が減るため、1時間あたりの賃金額は高くなります。すると、本来払うべき残業代よりも支給額が少なくなり、未払いとして指導を受ける可能性が出てくるでしょう。

労働時間を正しく把握できていない

使用者が適正に労働時間を把握・管理する責務は、「労働時間の適正な把握のために使用者が講ずべき措置 に関するガイドライン」で定められています。このガイドラインでは、自己申告制による過重労働や未払い賃金を防止するための具体的な措置も明示しています。

適正な残業代を支払うには、従業員の労働時間を正しく把握できていることが不可欠ですが、実務上適切に行われていないケースが多く見られます。

実際に労働局の調査でも「始業・終業時刻の確認・記録が不十分」「実態調査が行われていない」といった指摘が非常に多く見られます。

出典：神奈川労働局「長時間労働が疑われる事業場に対する監督指導結果（令和6年4月～令和7年3月）」

パソコンの使用記録と自己申告の労働時間に乖離が見られるような場合、過少申告の原因究明や不足分の支払いを指導されるケースも多く見られます。使用者の責任が問われることになるため、注意が欠かせません。

見落とされがちなのが、始業前や終業後の清掃、全員参加必須の研修、指定された制服への着替え時間です。使用者の指示によるものであれば、これらも労働時間に該当します。タイムカードの打刻前や打刻後に行わせている場合、労働時間にカウントされていないケースも多く、労働時間の把握が不適切と指摘される原因になり得ます。

端数処理（1分単位）の扱いミス

労働時間は1分単位で計算し、発生した賃金は全額支払う必要があります。労働基準法第24条には「賃金全額払いの原則」が規定されており、1分でも法定労働時間を超えて労働していれば、その分の割増賃金を支払わなければなりません。

しかし「残業時間を15分・30分単位で切り捨てる（丸める）」といった違法な取り扱いが、いまだに一部の企業で行われているのが実情です。これは労働者の不利益になるため決して認められません。

ただし、例外的に認められる処理として、行政通達（昭和63年3月14日基発第150号）に記載されている以下の取り扱いについては、実務の簡便化を目的として認められています。

固定残業代の運用ルールを誤っている

「固定残業代（みなし残業代）」とは、一定時間分の時間外労働や休日労働、深夜労働に対して定額で支払われる割増賃金のことです。

賃金の中にあらかじめ一定額の残業代を含めることから、労務管理の負担軽減や人件費のコントロールのしやすさなどを理由に導入する企業は少なくありません。

制度自体は直ちに違法となるものではありませんが、正しく制度を採用しないとトラブルを引き起こしやすく、実際に問題が多いのも事実です。

特によくある問題が「超過分の残業代未払い」です。「固定残業代を払っているから、いくら残業させても追加の残業代は不要」という認識があるなら、それは大きな誤解です。

実際には、あらかじめ設定した固定残業時間を超えて労働させた場合、超過分の残業代を別途支給しなければなりません。

個別の契約で「固定残業代が何時間分の残業に相当するか」を明確にしたうえで、毎月の労働時間を正確に把握しておく必要があります。

さらに、休日出勤手当や深夜手当を固定残業代に含めることも可能ですが、その場合は「それぞれ何時間分が含まれているのか」を内訳として明確にしておきましょう。

なお、固定残業代制の概要や導入時の注意点については、下記の記事で詳しく解説しています。

関連記事：【企業向け】固定残業代とは？正しい導入・計算方法・明示のポイントを徹底解説

法定内残業と時間外労働（法定外残業）を混同している

法定労働時間と所定労働時間の違いがあいまいな場合、余計なコストや法令違反につながります。

割増賃金の支払いが法律上義務付けられているのは、法定労働時間を超えた場合のみです。

【例】所定労働時間が9時～17時、お昼休憩が12時～13時で、19時まで残業したケース 所定労働時間は7時間。 ・17時～18時の1時間は法定内残業となる。割増分はなしで、特別の定めがなければ1時間分の通常の賃金を支払う。 ・18時～19時の1時間は時間外労働（法定外残業）となる。1時間分の割増賃金を支払う。

所定労働時間を超えても法定労働時間内であれば原則として通常の賃金の支払いは必要ですが、割増賃金の支払いは不要であり、気づかずに割増賃金を支払い続けると不要なコストが発生します。

反対に「1日8時間以内であれば残業代は不要」と誤解し、所定労働時間を超えて8時間以内の部分の通常の賃金を払わないケースは労働基準法違反となります。

法定内残業と時間外労働（法定外残業）の違いをしっかりと理解しておきましょう。

特に気をつけたい残業代計算の注意点

残業代の未払いがたびたび問題になる中、労働基準監督署による調査も厳しくなっています。どのような項目が指導の対象になりやすいのか、具体的なポイントを見ていきましょう。

管理監督者への残業代はどうなる？

役職者への残業代は誤解が生じやすいポイントです。

役付者であるというだけで、残業代の支払いが不要になるわけではありません。

労働基準法第41条第2号では、「管理監督者」や「機密の事務を取り扱う人」を、労働時間・休憩・休日に関する規定が適用除外になる者として定めています。そのため、時間外労働や休日労働に対する割増賃金の支払い義務が生じません。

ここで重要なのは、法律上の管理監督者と、社内における管理職・役職者は異なるという点です。

労働基準法上の管理監督者とは「経営側」にあたる人を指し、具体的には以下の要件を満たす必要があります。

• 経営者と一体的な立場で仕事をしている
• 出社、退社や勤務時間について厳格な制限を受けていない
• その地位にふさわしい待遇がなされている

出典：しっかりマスター労働基準法「管理監督者編」｜東京労働局

これらの要件を満たさない場合は「名ばかり管理職」と判断され、過去に遡って残業代を請求されるリスクがあります。

また、労働安全衛生法の改正により、管理監督者の労働時間の把握も義務化されています（労働安全衛生法第66条の8の3）。深夜労働に対する割増賃金の支払い義務もあるため、管理監督者であっても労働時間の管理は欠かせません。

月60時間超の時間外労働には50%以上の割増率が適用される

2023年4月1日以降、1か月の時間外労働が60時間を超えた部分については、大企業、中小企業ともに50％以上の割増賃金率が適用されています。

さらに、60時間超の時間外労働が深夜時間帯（22時〜翌5時）に及ぶ場合は、深夜割増の25％が加算されます。この場合、合計75％以上の割増率で残業代を支払う必要があります。

これに伴い就業規則の変更が必要となるケースもあるため、自社の規則が最新の法令に対応しているか確認しておきましょう。

36協定の範囲を超えた場合のリスク

従業員に法定労働時間を超えて時間外労働をさせたり法定休日に労働させたりする場合には、あらかじめ36協定の締結・届出が必要です。

以前までは、特別な事情がある場合に特別条項付きの36協定を締結すれば、上限なく時間外労働をさせることが可能でした。

しかし、働き方改革に伴う法改正により、労使の合意があっても以下の上限を超える時間外労働は禁止され、違反した場合は罰則の対象となっています（上限時間には職種や業種による例外があります。）。

• 時間外労働：年720時間以内
• 時間外労働と休日労働の合計：複数月平均で80時間以内（2〜6ヶ月のすべて）
• 時間外労働と休日労働の合計：月100時間未満
• 原則の月45時間を超えられる回数：年間6回まで

原則として、時間外労働は「月45時間・年360時間」以内としなければならない点に変更はありませんが、加えて絶対的な上限規制が設けられたことになります。

上限規制を超えた労働や、有効な36協定なしに時間外労働をさせた場合、労働基準法第119条に基づき、6ヶ月以下の懲役または30万円以下の罰金が科されるおそれがあります。

自社の残業代計算が正しいか確認する方法

ここまで読んで「自社の計算は大丈夫だろうか？」と不安に感じた方もいるかもしれません。残業代計算のミスが起きていないか、改めて見直してみましょう。

以下の表は、労働基準監督署の調査で指摘されやすい項目をまとめたものです。一つでも「NO」がある場合は、未払い残業代などのリスクが潜んでいる可能性があります。チェックして自社の現状を確認してみてください。

変形労働時間制の採用時に締結が必要な労使協定については、下記の記事で詳しく解説しています。合わせて参考にしてください。

関連記事：労使協定とは？36協定などの種類と届出ルールを一覧表付きで徹底解説

残業代計算ミスを防ぐための実務ポイント

労働時間の正確な管理

まずは、自社の労働時間管理がルール通りに行われているかを確認しましょう。

労働者の労働時間を把握する方法については、労働安全衛生規則第52条の7の3第1項に規定があります。

使用者は、始業・終業時刻の把握を労働者の自己申告に任せてはいけません。原則として、以下のような客観的な方法で把握する責務があります。

• 使用者が、自ら現認することにより確認すること
• タイムカード、ＩＣカード、パソコンの使用時間の記録等の客観的な記録を基礎として確認し、適正に記録すること

出典：「労働時間の適正な把握のために使用者が講ずべき措置に関するガイドライン」リーフレット

自己申告制はサービス残業の原因になりやすく、過重労働を引き起こすリスクがあります。申告内容と実際の稼働時間に乖離がある場合には、会社が実態を調査しなければなりません。

また、人手不足や労務管理の複雑化が進む中で、紙ベースの集計作業には限界があります。労務管理システムなどへ移行することも、有力な解決策となるでしょう。

就業規則・賃金規程の整備

給与計算のルールを就業規則や賃金規程に明記しておくことは、計算ミスを防ぐ上で欠かせません。

端数処理や基礎賃金に算入する手当の定義が曖昧だと、担当者の判断に委ねられ、慢性的なミスにつながります。

誰が担当しても同じ結果を導き出せる仕組みにするには、計算に関わる事項を規定で細かく定めることが重要です。社会保険労務士などの専門家に相談しながら、法的に問題のない規程の整備をおすすめします。

定期的な見直し

法改正は頻繁に行われるため、残業代の計算方法や就業規則、賃金規程の内容を年1回または法改正のタイミングで見直しましょう。ルールを最新の状態に保ち、労使一体となって適正な労働環境の維持に取り組むことが、未払い残業代などのトラブルを防ぎ、企業を労務リスクから守ることにつながります。

まとめ：残業代の計算に不安がある場合は社会保険労務士へ相談を

残業代計算には複雑なルールの理解と法令順守が求められます。これまで問題がなかった場合でも、古い手順を続けていると未払い残業代のリスクが潜んでいることがあります。

就業規則・賃金規程の整備はもちろん、端数処理や計算式に法的な問題がないか改めて確認しましょう。

固定残業代制や変形労働時間制を採用している場合は、就業規則や雇用契約書での明確な定義が必要です。適正な制度を構築するためには、社会保険労務士など外部専門家への相談をおすすめします。

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